Не знаю, как сейчас, а несколько лет назад, когда я последний раз их сравнивал, foobar был единственным плеером, который выводил на sp/dif-выход честный звук бит в бит, а у всех остальных почему-то (видимо, из-за неотключаемых улучшайзеров в коде) выход отличался от входа, поэтому я его тогда и выбрал, так как предпочитаю ехать, а не шашечки. ;)
Совершенству, увы, нет предела, а если ставить высшим приоритетом организацию медиатеки, то тут пальма первенства, как мне кажется, у iTunes, но там, увы, всё настолько огорожено, что рассматривать его всерьёз может только фанатик Apple. Ещё есть Mediamonkey, но я его не щупал, потому что к тому моменту, когда узнал про него, уже перестал использовать Windows как основную систему.